诊断短头犬的呼吸系统疾病时，经常发现动物患软腭过长症。另外鼻狭窄和喉小囊外翻也是短头综合症的一部分。软腭过长症，是先天性异常，吸气时向后拉长，阻塞声门的背面。有时它可以被吸入的勺状软骨的小角状突起之间，增加吸气力度并形成更多的湍气流。喉黏膜发炎或水肿，上呼吸道变得更狭窄。呼气时软腭尖端可以进入鼻咽部。吞咽时的协调换气被阻塞引起吞咽障碍。
发病特征除了短鼻腔犬（特别是英国斗牛犬、法国斗牛犬、波士顿梗犬、京巴犬）以外的其他犬，软腭过长症并不常见。通常动物刚出生就存在，没有性别差异，但有的直到2-3岁才表现出症状。老年动物常并发喉塌陷。
病史患有上呼吸道阻塞的动物有典型的呼吸杂音（气喘音）、呼吸困难（尤其是吸气时）的病史。如果吞咽换气时气道正常闭合，有些动物就会由于吞咽困难出现干呕或粘液。常见运动的不耐受、发绀和虚脱，并且兴奋、应激及温度和湿度增加都会使病情恶化。在睡眠时表现不安。
听诊咽喉时，出现遮蔽其他呼吸音的响亮鼾声。吸气力度明显增强（如牵动唇部连接，张口呼吸或连续喘气，前肢外展，过度使用腹部肌肉，胸廓和腹部运动反常，使用辅助呼吸肌，肋间空间和胸廓入口内陷，犬坐式呼吸）。动物体温可能会升高。
由于短鼻腔犬的舌厚，很难看到他们的口咽和喉，活动可能加重呼吸性窘迫。通常有必要进行镇静或麻醉。会厌软骨的软腭过长超过几个毫米（如经常超过1cm）。向背侧移开软腭便于观察杓状软骨。软骨软腭经常增厚，有粗糙不平的、发炎的尖端。杓状软骨经常发炎和水肿。
必须进行X射线检查以排除并发疾病（如气管发育不全、心脏扩大症、肺炎）。咽部X射线检查可以看到异常长度和厚度的软腭，但通常没有必要。
常出现并发的异常（如鼻孔狭窄、喉小囊外翻、杓会厌塌陷、角状突起塌陷、气管塌陷）。年轻的动物常并发气管发育不全。其他上呼吸道阻塞的原因有喉，团块阻塞声门、喉或气管，气道外伤性破裂。
需要使用药物治疗，以减轻急性呼吸困难。肥胖的动物应该减肥。当临床症状轻微时，运动和排除直接病因对减轻症状比较有利。对于中度到重度的呼吸困难，镇静剂、皮质激素、输氧和致冷是必要的。长期的药物治疗可能引起进行性的变形变化。
术前使用抗炎剂量的皮质激素，可以减小喉肿胀和术后阻塞。用稀释的无菌溶液轻轻冲洗口腔，海绵放在声门处食管插管周围，以液体进入气管。为防止肿胀和刺激，不要擦拭黏膜表面。术前一般不需要进行气管造口术插管，除非同时进行口部的其他手术治疗。
软腭是一个肉质的组织，是从硬腭延伸到会厌尖端，将口咽和鼻咽部分离。腭肌由黏膜覆盖，并受咽丛神经支配，收缩时使软腭缩短。腭腺使黏膜保持湿润。腭血管供应血液。会厌是弯曲的，鼻外侧软骨在喉入口处。会厌尖部到达口咽，位于软腭的背侧。会厌基部的舌面与舌骨体相连，黏膜链接会厌外侧面，到达杓状软骨楔形突起，形成杓状会厌皱襞。会厌与甲状软骨体相连。
正常犬，软腭的末端正好覆盖会厌的尖部。通常延长不超过扁桃体隐窝的中部。正常犬软腭的远末端是凹陷的，但软腭过长症的远末端频繁吸进入喉，使其表面更加突出或疼痛。
动物胸卧，使口完全张开。上下颌分别向上下拉，为安全，用纱布条向下牵拉下颌。脸颊不要放在手术台或衬垫上。为扩大术野，可向外侧牵拉脸颊并向嘴边拉舌。
可以使用剪刀、二氧化碳激光器或电外科术进行软腭切除，但电外科术后会增加术后水肿的发生。切除后常有轻度至中度的出血，可通过轻轻止血。缩短软腭的后缘以便连接会厌，并能在向背侧牵拉时与鼻咽根部连触。切除太小不能立即减轻呼吸困难，但切除太多可导致鼻反流、鼻炎、鼻窦炎。
事实上，用会厌尖端和扁桃体的后缘或中点做标记，标记出要切除的部分，轻轻抓住软腭，要尽量避免引起组织肿胀，用组织镊或艾利斯组织镊夹住软腭的尖端，在软腭右侧和左侧边缘，将要手术切除的部位放置牵引线，用止血钳夹住缝线向外侧的牵拉。用梅曾堡氏剪横断软腭宽度的1/3-1/2。在软腭边缘用简单连续缝（4-0聚二恶烷酮或聚卡普隆25缝合线）缝合口咽和鼻咽黏膜（如图），连续横断并缝合直到多余的软腭都被切除。
呼吸困难的动物，手术后要进行严密监护。注意动物是否有进一步的喉塌陷，术后是否减少了呼吸杂音。取出插管的时间应尽量延长，并且动物要保持安静。可通过吹鼻输氧。如果发生重度的呼吸困难，应使用气管造口术插管。如果肿胀严重且持续呼吸阻塞，术后可使用皮质激素。动物应输液直到可以口服吸收。术后要求住院观察24-72h。黏膜过度肿胀可引起窒息。术后常见咳嗽和，当动物完全从麻醉中恢复过来可给饮水，术后应禁食18-24h，如果过早会损伤肿胀的组织，引起肿胀、气道阻塞或抽吸。
由于喉塌陷和呼吸困难的恶化，不进行手术则预后不良。当软腭过长症是主要治病原因时，对于年幼动物来说预后良好，术后呼吸困难的程度会立即减轻。老年动物治疗的效果经常不好，因为他们的喉软骨开始塌陷，如果发生高度喉塌陷，除非进行附加手术否则预后不良。
巴哥犬、法国斗牛犬和英国斗牛犬因为它们扁平的鼻子、充满褶皱的脸部而成为养宠人的最爱。所以这些狗狗们通常会在繁殖中被强调突出它们这一“可爱”的特性，从而使得它们很容易受到一些健康问题的困扰，这其中就包括呼吸困难。
但是一项新的研究表明，通过外在的可见的特征来判断一只巴哥或者法斗是否会出现呼吸困难的疾病是不太可能的。这些研究对于在繁殖中消除这些潜在的危及生命的情况，却有着重要的。
短头阻塞性呼吸道综合征是指动物们由于自己的短头致使空气经过上呼吸道时所产生的不良反应。BOAS的表现症状从轻微的打呼到非常严重的呼吸问题，都有可能。受到典型BOAS的困扰的动物，会在运动中很地大口呼吸，甚至因为缺氧而倒下死掉。
有些人相信，狗狗们通过喘气是在给自己降温，而没有意识到狗狗们在炎热的下，因为受到BOAS的困扰而变得过热，同时有可能发展成致命的、严重的呼吸困难。
巴哥犬和斗牛犬常受欢迎的宠物，由于它们自身头部结构的影响，一部分巴哥和斗牛犬会受到BOAS的困扰。研究表明，超过半数的巴哥和斗牛，可能会因为BOAS而产生健康问题，导致运动困难和潜在的过热问题。2015年的一项研究显示，当狗狗吻部的凸出部分小于它们头部一半的长度，且脖子粗短时，它们患有BOAS的风险最高。
但是剑桥的科学家的一项最新的研究对以上的结论提出了。研究中，工作人员选取了超过600只的巴哥、英斗和法斗，对它们的头部、颈部和身体的尺寸进行了测量。同时，每一只狗狗都根据呼吸功能进行了客观的分级。这个团队发现，尽管外在的头部测量数据会对呼吸功能有一定的预测性价值，但是这种关系并不明显。此外，与BOAS有预判关系的测量数值也因为犬种的不同而存在差异。
来自加利福尼亚大学的研究人员比对了近150只英国斗牛犬的DNA。这些狗狗来自于相隔千里的不同国家，有的来自美国，有的来自捷克斯洛伐克，但是研究人员发现它们的基因高度相同。照这个结果，每一只斗牛犬都相当于一只由高度近亲繁殖出来的兄妹交配繁殖出的小狗。在犬科遗传学和流行病学上的文章里，研究人员，长此以往，将很难再找到足够多的携带优秀基因的狗狗来改良该犬种的健康。
Jane Ladlow博士，文章的联合作者说道：“要得到一些精确的测量数据，比如狗狗的眼距、鼻子的长度等等，即使对于经验丰富的老兽医来说，也常困难的，因为狗狗不会一直保持静止不动。”“这也许能解释为什么很难复制以前的研究结果，或者在曾经的结论中找出一些令人信服的。”
在英牛和法牛中，与胸围或颈长相比粗大的颈围往往和疾病关系更紧密。在雄性斗牛犬中，颈围往往显示出与疾病有足够紧密的联系，并且会对BOAS有比较准确的预判。
研究人员认为确诊BOAS最好的办法是观察狗狗的鼻孔程度，这个方法被能有效预判巴哥犬和斗牛犬是否患有BOAS。当这些测量的变数结合起来，基本可以有80%的准确率来预判狗狗是否患有BOAS。
繁殖者也应该尽量避免使用那些吻部特别短、脸特别宽、颈部特别粗的狗狗进行繁殖。“这些特征都跟日渐增长的BOAS风险有关”，研究的联合作者——David博士补充到，“目前为止，也还没有确切的办法来预测任何一只巴哥或者法斗将会发展为呼吸方面的问题，因此我们现在正在寻找基因方面的测试来帮助繁殖者最大限度的摆脱BOAS的困扰。”
“我们能给予短鼻腔狗狗犬主的最好的就是，最好每年带你的狗狗去做一检，检查一下那些易发的潜在的呼吸方面的问题，即使你自己没有发现任何症状，同时，要让你的狗狗保持健康，不能养的太胖。”
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